ヘリオポリス。
それはオーブの所有する中立のコロニー。
このコロニーにあるＭＳを巡って、戦いは起きていた。
それぞれの勢力の思惑も含めて。
ミゲル：「ラスティはどうした？」
アスラン：「ラスティは失敗だ！あれには地球軍の士官が乗っている！」
ザフト軍。
ケナフから情報を手に入れたクルーゼは迷わず、強襲を決行。
結果的に現時点でデュエル、バスター、ブリッツの強奪に成功する。
そして、アスラン・ザラがイージスを奪取した。
キール：「マサカズ、言うとおり来たが・・・これではカガリ嬢がどこに居るか分からんな」
マサカズ：「ああ、まずはこの状況をなんとかするべきだな」
オーブ軍。
ヘリオポリスに居る彼らはアスハの陣営。
ザフトの強襲の情報を手に入れた彼らは、いち早くここへとたどり着く。
そして密かに自分達で造っていたＭＳの１機を回収し現在に至る。
一方のサハク家陣営は宇宙空間でヘリオポリスを見物していた。
今、行けば本来の目的であるガンダムアストレイの回収がより不可能になるからだ。
彼らが動くのはまだ先。
マリュー：「Ｇをザフトに奪われるわけにはいかない！」
キラ：「でも、あなたは怪我してるんですよ！」
マリュー：「やるしかないの！あなたは大人しくしていて」
地球軍。
ヘリオポリスにて新型艦アークエンジェルとＧ兵器の建造を行った。
これはサハク家の協力によるものであった。
地球連合軍にとって最後に残されたＧ兵器であるストライク。
アークエンジェルの生き残った乗員は数人。
劣勢の地球軍、中立のオーブ軍、優勢のザフト軍。
この３つの軍がヘリオポリスを舞台に動き出す。
長きに渡る戦いへと誘うのであった。
「ＰＨＡＳＥ−２ その名はガンダム Ａパート」
逃げ惑う人々。
その中にキラは確認した。
キラ：「サイ、トール、カズイ、ミリアリア・・・！？」
彼らのことを案じるキラ。
だが、戦局は進む。
イージスの近くに居たジンがマシンガンを放ってきたのだ。
動きがぎこちないもののなんとか、かわすストライク。
ミゲル：「分かった。俺はあのＭＳを奪取する！アスラン！お前はヴェサリウスへ戻れ！」
その言葉と同時にミゲルは武器を持ち帰る。
重斬刀へと。
彼の言葉を聞いたアスランは何故か先程のことを思い出す。
まさか、本当にキラが？
アスランはその疑問を抱えつつ、ＯＳの調整を始めるのであった。
ミゲル：「とうっ！」
サーベルを振り下ろすが、後ろへ後退され当たらない。
だが、ストライクのコックピットの中では被害がなかったというわけではなかった。
マリュー：「後ろへ下がりなさい！死にたいの！？」
キラが衝撃でマリューの胸へ飛び込む。
本来なら、恥らったりするのだろうが、今は戦闘中。
それどころではない。
キラはすみませんと言いつつ、前を見る。
すると、ジンが近づいている。
次にジンは、上からサーベルを振り下ろそうとしていた。
それを見たマリューは何かのスイッチを入れ、ストライクの腕を交差する。
腕を交差するという事は、サーベルを受ける体制に入っていることを表していた。
キラ＆アスラン：「「え！？」」
急にストライクの色がグレーから、カラフルなったのだから無理もなかった。
受け止められるとは思っていなかったため驚くミゲル。
そこにＯＳの調整がある程度終えたアスランが通信をいれ、説明した。
アスラン：「あれはＰＳ(フェイズシフト)装甲だ！あれでは実弾兵器は全て通用しない！」
彼は言い終わると、イージスのＰＳ装甲のスイッチを入れる。
そして、飛んできたミサイルに対しバルカンで撃ち落す。
一方で状況把握の済んだマサカズはキールに指示する。
マサカズ：「(さて、この場合・・・地球軍に味方するべきか)キール！お前はカガリ上を探せ！そして、ジンを破壊しろ！Ｍモードの武装ならジンを殺れるだろう。だが、民間人を巻き込むなよ！あいつらが狙うのは軍事施設や兵器のはずだから、上手く誘導するんだ！」
キールは彼の言うとおりに別行動を開始した。
本来なら、どちらにも味方したくない。
だが、襲ってきたザフト軍の方に味方をするわけにいかないのだ。
確かにオーブ側に非があるのは認めるが、市民を巻き込んでいるのだから。
彼は状況を見ながら、ストライクに乗っている方へ援護する事を決めた。
アスラン：「ちっ！？」
イージスの方へとマサカズはビームを放つ。
だが、当たるわけがない。
わざと外している。
ミゲル：「アスラン、お前は戻れ！跡詰めとストライク奪取は俺がやる！」
確かに彼の言うとおりだ。
今ここで、イージスを壊すわけにはいかない。
そう考えたアスランはコロニーの外へと向かう。
マサカズはビームを威嚇射撃ながらも外へと誘導していく。
ミゲル：「いくら、装甲が良かろうがぁ！」
ストライクに対し、攻撃を加えていくミゲル。
エネルギーを切らせば、元もこもないのである。
攻撃が当たってしまい、ビルに衝突するストライク。
そのとき、キラは見た。
逃げゆくミリアリア達を。
彼らの様子を見てキラは思う。
みんなを守らなければ！
ストライクを刺そうとするジンの攻撃に対し、思わずキラの手が動く。
スイッチを押し、レバーを引く。
次に体当たりでジンを倒させる。
キラ：「あなた軍人なんでしょう！？だったら、なんとかしてくださいよ！・・・・・・！？無茶苦茶だ！こんなＯＳでこれだけの機体を動かそうだなんて・・・！」
マリュー：「まだ、ＯＳの調整全て終わってないのよ」
キラ：「どいてください！僕がやります！」
すると、キラはＯＳの調整を始めた。
マリューは後ろで見守る。
だが、敵は待ってくれない。
キラはイーゲルシュテルンで攻撃しつつ、ストライクの右腕でパンチを繰り出し、ジンを吹っ飛ばす。
その光景に驚くサイ達に加え、マリューも驚く。
キラ：「キャリ部レーションとりつつゼロ・モーメント・ポイントおよびＣＰＵを再設定･･･、ちっ！なら疑似皮質の分子イオンポンプに制御モジュール直結。ニューラルリンケージ・ネットワーク再構築･･･メタ運動野パラメーター更新、フィードフォワード制御再起動、伝達関数！コリオリ偏差修正、運動ルーチン接続！システムオンライン、ブーストストラップ起動！」
それはわずか数秒での出来事だった。
体制を立ちなおしたミゲルはマシンガンで攻撃。
攻撃をかわし、ストライクは上空へと上がる。
それを追って、ミゲルのジンも上空へと上がった。
キラ：「武器は・・・イーゲルシュテルン、アーマーシュナイダー・・・これだけかっ！」
武装を確認したキラはストライクの両手にアーマーシュナイダーを持たせる。
次に地上へ降りてジンの懐へと飛び込む。
左手のアーマーシュナイダーを右肩に、右手のアーマーシュナイダーをジンの頭部へと直撃させる。
これにより、ハイドロの応答しなくなったジンに対し、ミゲルは脱出すると同時に自爆装置を起動させる。
マリューが敵パイロットの様子を見て、離れて！と言うが遅かった。
ジンは爆発し、ストライクは爆風に飛ばされるのであった。
一方でこちらはアークエンジェルへと続く通路。
気を失っていたナタルが遺体に当たり、目を覚ます。
そして、ナタルはアークエンジェルへと向かった。
ムウ：「ちっ！母艦が殺られたか！」
母艦を破壊したジンに対し、攻撃を浴びさせる。
その攻撃で、ジンは右腕を破壊され回避に専念していた。
光景を見ていたクルーゼは出撃する事を決め、ブリッジへと向かうのであった。
ＮＥＸＴ「ＰＨＡＳＥ−２ その名はガンダム Ｂパート」